TRANSFAC Suite は、遺伝子転写調節研究に最適の大変ユニークなデータベースです。転写因子、実験的に証明されたその結合配列、転写因子の制御下にある遺伝子に関する情報を網羅的に収載しています。転写因子ごとに、その結合配列に関する情報を用いて作製されたPMW (positional weight matrices) を用いることにより、新規の転写因子結合部位を予測することができます。TRANSFAC Suite は、BIOBASE グループの最も古いデータベースでありながら、現在でも転写調節研究の世界的スタンダードになっています。

TRANSFAC Suite に含まれる TRANSFAC Professional 以外のデータベース:

• TRANSCompel® - 複合的転写調節エレメントに特化したデータベース
• TRANSPro™- ヒト・マウス・ラットのプロモータ配列の網羅的コレクション
• PathoDB® - 転写因子とその結合配列における疾患に関連する変異の網羅的データベース
• S/MARt DB™- 真核生物ゲノムの MAR/SAR と MAR/SAR 結合タンパク質に関する広範な研究データ のデータベース

TRANSFAC に搭載される Match™ や Patch™ は、それぞれ PWM または実際の結合配列情報を用いて、DNA 配列内に新規の転写因子結合部位を予測することができます。この予測方法は、十分な解析がされていない遺伝子の転写調節の研究において大きな役割を果たしています。

TRANSFAC Suite には、データベース内　（転写調節や遺伝子発現に関する）　で相互にリンクした転写因子や遺伝子の情報を基に、遺伝子の転写制御ネットワークを自動で可視化するツールが搭載されています。

さらに TRANSFAC Suite には、以下の情報を収載しています。

• 転写因子・その構造・機能・発現パターンに関する広範な情報
• Chip on chip や Chip-seq 実験由来の in vivo の転写因子結合部位に関する情報

TRANSFAC は、ExPlain™ 解析システムの下で用いることにより、共発現する遺伝子群の発現調節機構やその上流に存在する重要分子を予測する新規の解析方法として機能します。ExPlain に搭載されている CMA (Composite Module Analyst) と呼ばれる Genetic Algorithm を用いれば、Affymetrix GeneChip® Arrays 等で得られる発現が上昇または減少した遺伝子群に共通のプロモータ構造を予測することが可能です。ExPlain システムの下での解析法は、TRANSFAC を単独で用いた解析法と比較して、疑似陽性のレベルを大きく下げることが可能です。さらに ExPlain システムには、パスウェイデータベースも搭載されており、最終的な遺伝子発現パターンに至る上流の原因を予測可能です。このように、TRANSFAC は単独ではなく、ExPlain　システムの下で使用された場合にその真価を発揮します。

しかしながら、ExPlain システムが、より正確な予測をするためには、科学ジャーナルからマニュアルキュレーションされた高品質で専門家を対象にしたデータベース TRANSFAC Suite が不可欠です。TRANSFAC Suite には、転写因子・その認識配列・制御下にある遺伝子群に関する情報が収載されています。BIOBASE グループでは、この非常に重要なデータベース TRANSFAC Suite を今後もさらに発展させていきます。