ExPlain は、BIOBASEの高品質データベース と BIOBASE 開発の強力な解析アルゴリズムを用いて、
お客様の実験データの潜在的価値を見出すお手伝いをします。
ExPlain 解析のイメージはこちら>>PDF
メリット1： 上流側の原因分子を予測可能
ExPlain では、通常汎用される解析法（GO terms, Disease terms による解析、Enrichment 解析、pathway 解析）に加えて、発現プロファイルに至る上流の原因を予測できます。
メリット2: 豊富なデータベースコンポーネントによる高い総合力
TRANSFAC, TRANSPATH, PROTEOME といった人気のデータベースが付属コンポーネントとしてご利用いただけます。発現プロファイルの解析を行わない研究者にとっても大きな経済的メリットがあります。
メリット3: 情報の高い信頼性
BIOBASE データベースは、訓練された約80人の専門家がマニュアルでキュレーションしています。情報の信頼性が、コンピュータによる自動キュレーションとは異なるためです。
テキストマイニング技術とは一線を画す BIOBASE データベースの信頼性をご体験ください。
- 遺伝子発現変化がもたらす下流側への影響予測 (Downstream 解析）
- 遺伝子発現変化の上流の原因分子予測 （Upstream 解析）
- 同調的に発現変化した遺伝子群を制御する転写因子群の同定 （プロモータ解析）
- 同調的に発現変化した遺伝子群に共通するプロモータ構造のモデル化 （プロモータ解析）
- バイオメーカーの同定研究 （診断等への応用）
ExPlainTM 解析の最大の利点は、最終的な遺伝子発現パターンの変化に至る上流の原因分子を予測できることにあります。
下流側への影響の予測のみの解析では、不完全な解析になる可能性があります。
このような上流の原因分子は、最初のプロファイルで発現が変動している必要がありません。
ExPlainTM解析は、治療ターゲットの探索、薬効メカニズムの解明等に非常に適しています。
ExPlain 解析システムは、知識基盤 （発表論文等の情報）に基づいて 複雑な遺伝子発現パターンの変化を解析するシステムです。
ExPlain システムには、Composite Module Analyst (CMA) と呼ばれる genetic algorithm が内包されており、
（Affymetrix GeneChip® Arrays 等の結果から得られる） 同調的に発現変化した遺伝子群のプロモータ構造の解析や共通構造の予測に使用されます。
例えば、発現が上昇した遺伝子群400遺伝子と発現に変化のなかった400遺伝子群とを比較解析し、発現の上昇した遺伝子群の発現制御領域に有意に多い転写因子認識部位を予測することが可能です。
これらの転写因子群の情報を用いて、発現の上昇したものを説明可能なプロモータ (エンハンサーも含む） 構造をモデル化できます。
これらの解析ステップで、有意に疑似陽性の比率を減少させることができます。
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Affymetrix GeneChip® Compatible
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ExPlainTM
解析の主な目的
