TRANSFAC^® Professional

TRANSFAC Professional（以下、TRANSFAC）は、遺伝子転写調節研究に最適の大変ユニークなデータベースです。 転写因子、実験的に証明されたその結合配列、転写因子の制御下にある遺伝子に関する情報を網羅的に収載しています。 転写因子ごとに、その結合配列に関する情報を用いて作製されたPMW (positional weight matrices) を用いることにより、新規の転写因子結合部位を予測することができます。 TRANSFACは、転写調節研究の世界的スタンダードです。

• TRANSCompel^® ― 複合的転写調節エレメントに特化したデータベース
• TRANSPro^TM ― ヒト・マウス・ラットのプロモータ配列の網羅的コレクション

TRANSFAC に搭載される Match^TM や Patch^TM は、 それぞれ PWM または実際の結合配列情報を用いて、 DNA 配列内に新規の転写因子結合部位を予測することができます。 この予測方法は、十分な解析がされていない遺伝子の転写調節の研究において大きな役割を果たしています。

TRANSFAC には、データベース内（転写調節や遺伝子発現に関する）で相互にリンクした転写因子や遺伝子の情報を基に、 遺伝子の転写制御ネットワークを自動で可視化するツールが搭載されています。 さらに TRANSFAC には、以下の情報を収載しています。

• 転写因子・その構造・機能・発現パターンに関する広範な情報
  
• Chip on chip や Chip-seq 実験由来の in vivo の転写因子結合部位に関する情報

複合的転写調節エレメント (Composite regulatory elements) は、真核生物遺伝子の多くのプロモータ・エンハンサーに見られます。 複合的転写調節エレメントは、2種類の異なる転写因子の２つのDNA 結合部位から成り、新規の転写調節能を有しています。 また、複合的転写調節エレメントは、しばしば複数のシグナル伝達経路が交差する場所になります。

TRANSCompel に内包されている CATCH を用いれば、クエリ DNA 配列内の複合的転写調節エレメントを予測することができます。 研究中の DNA 配列を、TRANSCompel に収載されている全ての複合的転写調節エレメントの情報を用いて検索することができます。 全ての検索結果 （陽性の） は、対応する複合的転写調節エレメントのデータに直接リンクが張られます。

TRANSPro には、注釈付けされた転写開始点 (TSS) の情報に基づいて定義れたプロモータ配列が収載されています。 それらのプロモータ配列は、個々の遺伝子の異なるプロモータを区別できるアルゴリズムにより、遺伝子ごとにご利用になれます。

TRANSPro は、発現が協調的に変動する遺伝子群のプロモータ構造を、体系的に解析するために欠かせない重要なデータベースです。 プロモータ配列内には、現在までに知られている転写因子結合部位の情報も示されます。

▲top 

	TRANSFAC®   2010.4
Factors (includes miRNAs)	14,490
Sites	31,039
Factor-Site Links	41,859
Genes	67,947
CHIP-chip Fragments	1,549,846
Matrices	1,422
References	24,560

	TRANSProTM   2010.4
Promoter Sequences	277,337
Human	40,501
Mouse	57,819
Rat	16,274
Dog	17,042
Chimpanzee	16,964
Plasmodium	2,518
Arabidopsis	27,994
Rice	29,456
Soybean	68,769

	TRANSCompel®   2010.4
Composite Elements	428
Genes	283
Evidence Codes	1,488
References	507

引用論文に関してはこちらを参照ください >> 引用論文

よくあるご質問についてはこちらを参照ください >> よくある質問 Q&A